Неврологические уровни имеют определенные неврологические аналоги. Чем выше уровень, тем глубже он проникает в неврологию. Мы реагируем на свое окружение периферической нервной системой. Поведение и способности затрагивают двигательные и кортикальные слои нервной системы - наши сознательные и полубессознательные действия. Убеждения и ценности мобилизуют вегетативную нервную систему - ту часть, которая регулирует внутренние состояния нашего тела: частоту сокращений сердечной мышцы, кровяное давление и пищеварение. Когда вы вступаете в противоречие со своими убеждениями и ценностями, ваш пульс и частота дыхания изменяются. Уровень идентичности соответствует вашей иммунной системе - той части, которая защищает от болезней путей разделения "родных" и "чужеродных" тел. А выше идентичности? Мы не знаем. Этот уровень может подключать баланс в вегетативной нервной системе между симпатической, которая снабжает энергией и увеличивает частоту сердечных сокращений, дыхания, повышает кровяное давление, и парасимпатической ее частью, которая успокаивает все эти процессы.
Логические уровни отражают три части НЛП: неврологию, потому что каждый уровень приводит в действие нашу неврологию; лингвистику, так как каждый уровень отражается в том языке, который мы используем; программирование, по той причине, что мы предпринимаем различные действия, в зависимости от того, на какой уровень мы хотим воздействовать.