В ней различают верхнюю (тазовую) и нижнюю (анальную) части, отделенных поперечными складками слизистой. Слизистая оболочка верхней части выстлана однослойным призматическим эпителием, формирующим глубокие крипты. В нижней части прямой кишки различают три зоны: столбчатую, промежуточную и кожную. Столбчатая зона выстлана многослойным кубическим, промежуточная – многослойным плоским неороговевающим, а кожная – многослойным плоским ороговевающим эпителием. Собственная пластинка столбчатой зоны образует 10-12 продольных складок, содержит много кровеносных лакун, кровь от которых оттекает в гемороидальные вены. Здесь встречаются единичные лимфатические фолликулы, концевые отделы рудиментарных анальных желез. Собственная пластинка промежуточной зоны богата эластическими волокнами, лимфоцитами. Здесь располагаются концевые отделы сальных желез. В собственной пластинке кожной зоны кроме сальных желез появляются волосяные фолликулы, и концевые отделы апокриновых потовых желез. Мышечная пластинка прямой кишки двухслойная. В подслизистой основе, образованной рыхлой волокнистой соединительной тканью, расположены нервные и сосудистые сплетения. В последнем четко выделяются сплетения гемороидальных вен. При потере тонуса их стенки, могут возникать гемороидальные кровотечения. В этом слое имеется обилие барорецепторов, играющих большую роль в акте дефекации, а также концевые отделы рудиментарных анальных желез. У человека при патологических условиях они могут служить местом образования фистул.

Мышечная оболочка двухслойная: внутренний слой циркулярный, внешний – продольный. Циркулярный слой на разных уровнях образует два утолщения – внутренний и наружный сфинктеры, причем внутренний сфинктер образован гладкой, а внешний – поперечнополосатой мышечной тканью. Оба сфинктера играют важную роль в акте дефекации. Верхняя часть прямой кишки покрыта серозной оболочкой, а анальная – адвентициальной.