Общим признаком этой группы служит стержневой главный корень, проникающий в глубь почвы у некоторых видов до 1,5–2 м. Подрезанный корень или его отрезок образует вертикальные корни и дают новые побеги. Главный корень у некоторых сорняков может расщепляться вдоль и давать, таким образом, начало новым растениям, образую плотный куст.
К таким относятся полынь горькая (Artemisia absinthium L.), цикорий обыкновенный (Cichorium intybus L.) щавель кислый (Rumex acetosa L.), одуванчик лекарственный (Taraxacum officinale Wigg.), подорожник ланцетолистный (Plantago lanceolata L.).
Меньшая группа сорняков, лишенных специальных органов вегетативного размножения, имеет мочковатые корни. К ним относятся лютик едкий (Ranunculus acer L.)–ядовитый сорняк лугов и увлажненных мест и подорожник большой (Plantago major L.), встречающийся в посевах многолетних трав.
Многолетние сорные растения, имеющие специальные органы вегетативного размножения, в зависимости от вида этих органов подразделяются на ползучие, луковичные и клубеньковые, корневищные и корнеотпрысковые.
Ползучие многолетние сорные растения в качестве органов вегетативного размножения имеют стеблевые побеги ( усы, плети, и т.д.), стелющиеся по земле и укореняющиеся в узлах. К ним относятся лютик ползучий (Ranunculus repens L.), лапчатка гусиная (Potentilla anserina L.), будра плющевидная (Glechoma hederacea L.) и др.
Клубневые и луковичные сорные растения. К клубневым относится чина клубненосная (Lathyrus tuberosus L.), чистец болотный (Stachus palustris L.), сыть круглая (Cyperus rotundus L.) и др., к луковичным–лук круглый (Allium rotundym L.) и др.
Корневищные сорняки представлены значительным количеством широко распространенных, трудно искоренимых родов и видов, повсеместно засоряющих сельскохозяйственные культуры.
Органами вегетативного размножения у них служат подземные стебли–корневища. Наиболее распространенными злостными сорняками этой группы являются пырей ползучий (Agropyrum reptns (L.) P. B.), вострец ветвистый (Aneurolepidium ramosum (Trin.) Nevsk.), свинорой пальчатый (Cynodon dactylon (L.) Pers.), хвощ полевой (Equisetum arvense L.).
Корнеотпрысковые сорняки обладают сильно выраженной способностью к вегетативному размножению. Органами такого размножения являются корневая поросль (корневые отпрыски), позволяющие из почек главного корня или всей корневой системы. Эта поросль дает начало новым растениям, которые в дальнейшем порывают связь с материнским растением и образуют новые корневые отпрыски. Постепенно вокруг одного растения появляется много самостоятельных растений, занимающих площадь в несколько квадратных метров. При дальнейшем размножении отдельные куртины сливаются в сплошной засоренный массив. Из корнеотпрысковых наиболее распространенными засорителями посевов сельскохозяйственных культур являются осот полевой (Sonshus arvensis L.), бодяк полевой (Cirsium arvense (L.) Scop.), горчак ползучий (Acroptilon repens (L.) D. C.), молочай лозный (Euphorbia virgata W. et K.), вьюнок полевой (Convolvulus arvensis L.), сурепка обыкновенная (Barbarea vulgaris R. Br.), щавель воробьиный (Rumex acetosella L.).