В ходе гисто- и органогенеза деление клеток и их перемещения продолжаются, но ведущую роль приобретают процессы дифференцировки клеток и зародышевых листков.
Из клеток эктодермы образуются – нервная пластинка, которая затем формирует центральную и периферическую нервную систему; клетки мозгового слоя надпочечников, пигментные клетки. Кроме того, производными эктодермы являются и компоненты органов зрения, слуха, обоняния, эпидермис кожи, волосы, ногти, потовые, сальные и млечные железы, эмаль зубов, эпителий ротовой полости и прямой кишки.
Клетки мезодермы принимают участие в формировании хрящевого и костного скелета, соединительнотканного слоя кожи, скелетных мышц, а также органов кровеносной, выделительной и половой систем организма.
Производными энтодермы являются эпителий кишечника и связанные с ним печень, поджелудочная железа, а также эпителий легких и дыхательных путей.
Однако, необходимо учитывать, что большинство органов являются производными двух или трех зародышевых листов.
В ходе органогенеза зародышевые листки, занимая определенное положение друг по отношению к другу, контактируя и взаимодействуя, обеспечивают такие взаимоотношения между различными группами клеток,которые стимулируют их развитие в определенном направлении. Это явление называется эмбриональной индукцией.
В ходе эмбриогенеза для обеспечения таких функций как дыхание, питание, выделение и др. у зародышей большинства позвоночных образуются провизорные органы. После окончательного созревания дефинитивных органов провизорные органы редуцируются. К провизорным органам относят: амнион, хорион, желточный мешок, аллантоис и плаценту.