Импактные кратеры обладают сложной морфоструктурой, в которой структурные элементы достаточно строго связаны с морфологическими, а морфологические особенности довольно жестко зависят от их разме­ров. Строение очень мелких (диаметром до 1 километра) кратеров подобно строению разбитого камнем лобового стекла автомобиля . Ка­мень («метеорит») встречается со стеклом («мишенью») со скоростью до 200 км/час. Кинетической энергии, конечно, не хватает для резкого повы­шения температуры и плавления, но разрушение мишени происходит по той же схеме: максимально раздроблено (вплоть до пробоины) место не­ посредственного удара; стекло оказывается вдавленным внутрь салона в виде плоской воронки; распространение ударной волны происходит рас­ширяющимся фронтом, а стекло разрушается по радиальным и концен­трическим трещинам.
Кратеры мелких размеров (первые километры) имеют более сложное строение. В них деформирована мишень, а дно и борта кратера сложены контогенными породами .
Породы мишени слагают цоколь кратера. Цоколь разбит трещинами, расходящимися радиально от центра удара. Кинематически эти трещины представляют собой подцвиги в дне цоколя и надвиги в бортах конуса. Ча­стично цоколь бывает расплавлен, частично брекчирован. По трещинам иногда наблюдаются инъекции зювитов. Если мишень представлена сло­истыми тощами, слои испытывают пластические деформации: в верхней части кратера они выворачиваются к периферии конуса, приобретая пере­вернутое залегание, а под кратером — образуют мелкие дисгармоничные складки. Выброшенные взрывом катаклазиты либо слагают насыпной вал кратера, либо падают на его дно, образуя линзу аллогенных брекчий, ча­сто вместе с импактитами.
Иногда мелкие импактные кратеры имеют совсем простое строение.
Глубина кратера обычно составляет одну треть его диаметра. Примером простого чашеобразного метеоритного кратера может служить Беенчиме Салаатинская астроблема (Саха-Якутия) диаметром 8,0 км, образовавша­яся более 300 млн. лет назад . Кратер заполнен аллогскими брекчиями, а его дно раздроблено и сложено аутигенными брекчиями. В породах мишени наблюдается серия радиальных разрывов.
В кратерах средних размеров (5— 15 км) за счет упругой отдачи в гео­метрическом центре воронки часто формируются центральные поднятия,или «центральные горки», а в кратерах диаметром более 15 км — и коль­цевые поднятия, обычно в сочетании с центральными горками. Обобщен­ный вариант строения сложной астроблемы предложен В.И. Фельдманом, много лет посвятившим изучению этих структур .
В качестве примера астроблемы с центральной горкой можно приве­сти Карлинскую астроблему диаметром 12 км, расположенную в Повол­жье и сформировавшуюся около 10 млн. лет назад . Кратер за­ полненаллогенными брекчиями, его дно и центральная горка — аутоген­ными бречиями. Структура астроблемы изучена скважинами. Никаких признаков радиальных или кольцевых разрывов не установлено.
Более сложно устроена Карская астроблема диаметром около 60 км, расположенная на северо-востоке Пай-Хоя. Она имеет от­четливо круглую форму с выраженной центральной горкой и располагает­ся на гетерогенном основании. Расположенный вокруг центральной горки кольцевой ров, как и в других астроблемах, имеет асимметричное строе­ние — его внутренние склоны (склоны центральной горки) в 2—3 раза кру­че, чем внешние (склоны кратера).
В отличие от Карлинской астроблемы, в строении Карской астробле­ мы кроме аллогенных брекчий участвуют импактиты — от зювитов разной размерности до тагамитов, что безусловно связано с ее существенно большими размерами. Такое сочетание брекчий и пород, явно появившихся из расплава в округлой структуре, долгое время приводило геологов к мнению о вулканическом происхождении Карского кратера. Действительно, коптогенные брекчии внешне очень похожи на прижерловые вулканиче­ские брекчии .
Общую закономерность можно сформулировать так: чем крупнее астроблема, тем больше в ней импактитов. Наиболее известным примером гигантского импактного кратера является Попигайская астроблема диа­метром около 100 км, образовавшаяся 36 млн. лет назад . Она расположена на севере Среднесибирского плоскогорья (Саха-Якутия).
Первичные породы астроблемы представляют собой гетерогенную мишень и сложены разнообразными породами, слагающими фундамент и, частично, чехол Анабарского щита (по B.JI. Массайтису и др., 1980).
Возраст пород колеблется от архейского до протерозойского в фундамен­ те и от кембрийского до мелового в чехле. Главной отличительной осо­бенностью Попигайской астроблемы является очень большое количе­ство импактитов. Именно поэтому ее раньше рассматривали в качестве огромной вулканической постройки постмелового возраста. В струк­ туре этого гигантского импактного кратера слабо выражено централь­ное поднятие и окружающий его малый кольцевой желоб, но очень хо­рошо выражено кольцевое поднятие, окружающий его большой кольце­ вой желоб, а также радиальные желоба (языки выпахивания), которые являются редкими структурными элементами астроблем. Диаметр коль­цевого поднятия составляет около 45 км, его превышение над внешним кольцевым желобом — от 1,2 до 2,0 км! По периферии кратера наблюда­ются сложные структурные ансамбли, представленные расходящимися (центробежными) надвигами и взбросо-надвигами, наклонными и опро­кинутыми складками. Горизонтальные амплитуды надвигов достигают не­ скольких километров. Кроме того, наблюдаются и отчетливые радиальные разрывы протяженностью до 15 км.
Породы гетерогенной мишени интенсивно катаклазированы — в цо­коле кратера это аутигенные брекчии, а в насыпном валу — аллогенные брекчии различной размерности. Среди импактитов обломочные разно­сти (зювиты) составляют до 75%, мощность которых составляет не менее 1 км.
Молодые импактные кратеры разных типов, хорошо выраженные в рельефе, легче всего идентифицируются тогда, когда они формируются на гетерогенных мишенях, тоже хорошо выраженных геоморфологически. В этих случаях именно нарушение первичных геоморфологических особен­ ностей мишени, например, с линейных на кольцевые указывает на удар­ ное происхождение кратера