Систематика (таксономия) наука о многообразии и взаимосвязях между организмами. Одна из задач систематики распределение (классификация) множества организмов по группам (таксонам).

Таксон — группа организмов, объединенная по определенным однородным свойствам в рамках той или иной таксономической категории. Раздел систематики, изучающий принципы классификации, называется таксономией (от греч. taxis расположение, порядок).

Специальный раздел таксономии номенклатура разрабатывает правила присвоения наименований описанным объектам. В систематике бактерий для наименования объекта используют биноминальную номенклатуру К. Линнея, согласно которой биологическому виду присваивают название, состоящее из двух слов: первое определяет принадлежность организма к определенному роду, второе виду. Названия бактериям присваивают в соответствии с правилами Международного кодекса номенклатуры (зоологической, ботанической, номенклатуры бактерий, вирусов).

Самой крупной таксономической категорией является царство, более мелкими подцарство, отдел, класс, порядок, семейство, род, вид, подвид и др.

Одной из основных таксономических категорий является вид (species). Вид это совокупность популяций особей, способных к скрещиванию с образованием плодовитого потомства, обладающих рядом морфологических, биохимических, физиологических признаков, населяющих определенный ареал, обособленных от других видов нескрещиваемостью в природных условиях.

Однако у прокариот размножение половым путем отсутствует, поэтому данный признак для определения видовой принадлежности к ним неприменим. Отнесение прокариотных организмов к одному или разным видам осуществляется в большой степени эмпирическим путем на основе анализа многих признаков, при этом генетическая информация, содержащаяся в нехромосомных генетических элементах, для определения видовой принадлежности не используется.

Поэтому вид микроорганизмов это совокупность особей, объединенных по сходству морфофизиологических свойств, но отличающихся от других представителей рода.

Виды объединяют в таксоны более высокого ранга роды, роды в семейства, далее следуют порядки, классы, отделы, царства. Для высших таксономических категорий пока нет удовлетворительного определения.

Совокупность однородных организмов, выделенных на питательной среде, характеризующаяся сходными морфологическими, тинкториальными, культуральными, биохимическими и антигенными свойствами, называется чистой культурой.

В микробиологии употребляются такие термины, как «штамм» и «клон». Штамм более узкое понятие, чем вид или подвид. Чистая культура микроорганизмов, выделенных из определенного источника и отличающихся от других представителей вида, называется штаммом. Различия между штаммами не выходят за пределы вида. Клон — еще более узкое понятие, это совокупность потомков, выращенных из единственной микробной клетки.

Для обозначения некоторых совокупностей микроорганизмов, отличающихся по тем или иным свойствам, употребляется суффикс var (разновидность) или type (тип). Поэтому микроорганизмы в зависимости от характера различий обозначают как морфовар или морфотип (отличие по морфологии), резистовар или резистотип (отличие по устойчивости к антибиотикам), серовар или серотип (отличие по антигенам), фаговар или фаготип (отличие по чувствительности к бактериофагам), биовар или биотип (отличие по биологическим свойствам) и т.д.

Например, название сенной палочки пишется как Bacillus subtilis. Первое слово название рода, которое начинается с прописной буквы, второе слово обозначает вид и пишется со строчной буквы. При повторном написании вида родовое название сокращается до начальной буквы, например B. subtilis. 138