Альтернативный путь активации комплемента отличается тем, что не нуждается в наличия комплекса антиген-антитело, он стимулируется бактериальными антигенами, например, липополисахаридами и белками системы пропердина. Активация начинается сразу из компонента СЗ и дальше происходит так, как и при классическом пути с образованием мембраноатакующего комплекса.

Бактерии изобрели большое количество способов защиты от действия комплемента.

Рассматривая биохимию фагоцитоза остановимся лишь на механизмах уничтожения и лизиса (переваривания) микроорганизма внутри фагоцита. После фагоцитоза в фагоците активируется НАДФ.Н-оксидаза фагоцитов, которая катализирует образование супероксидного аниона-радикала О2-. Далее под действием супероксид-дисмутазы, а также в спонтанных неферментативных реакциях Фентона и Хабера-Вейса образуются другие активные формы кислорода – Н2О2, ОН, О21 (механизмы содержатся в лекции «Структура и функции липидов. Мембраны. ...»). Кроме того, под влиянием фермента фагоцитов миелопероксидазы происходит реакция, в которой образуется сильный окислитель - гипохлорит.

Все эти вещества окисляют липиды мембран, белки и нуклеиновые кислоты микроорганизма. Бактерицидным действием владеют еще такие компоненты фагоцита как лизоцим и катионные белки. Общее действие всех этих веществ в большинстве случаев приводит к гибели микроорганизма. Переваривание микроорганизма осуществляется лизосомальными ферментами - катепсинами (протеазы), гликозидазами, нуклеазами, лизоцимом, липазами, кислой фосфатазой и другими.