Севастопольский военно-морской госпиталь начал свою работу в конце 1783 г. По имеющимся данным, одновременно с началом строительства Севастопольского военного порта (1783 г.) там стали строиться и «помещения для больных». Эти помещения первоначально находились вблизи татарского селения Ахтиар и состояли из нескольких «малых флигелей». Ввиду отдаленности их от порта адмиралом Ушаковым было построено на Корабельной стороне вблизи морских казарм двухэтажное каменное здание, в которое госпиталь и был переведен (1791 г.).
С ростом численного состава Черноморского флота расширялся и госпиталь: перед Крымской войной (см.) он имел уже 500 коек, после Альминского сражения был развернут на 1 800 коек. При первой бомбардировке Севастополя здания госпиталя подверглись большому разрушению и были оставлены. В ночь на 8.Х.1854 г. больные и раненые были погружены на баржи, перевезены на Северную сторону и удобно размещены в многочисленных каменных зданиях провиантских магазинов, Михайловского укрепления, батареи № 4. Летом 1855 г. было развернуто дополнительно цынготное отделение в палатках в деревне Сабли. Во второй половине 1855 г., после потери нескольких редутов на Инкерманской горе, госпиталь стал вновь подвергаться обстрелу и был переведен в Бельбекскую долину, где разместился в бараках, но оставался там недолго. С оставлением Севастополя госпиталь был переведен в Симферополь и в конце октября расформирован.
О количестве больных и раненых, прошедших в этот период через Севастопольский военно – морской госпиталь, имеются лишь отрывочные сведения (см. Крымская война). Личный состав госпиталя проявлял во время осады высокий патриотизм, мужество, чуткое и внимательное отношение к больным. В одном из донесений значится: «…в морских госпиталях до трех раз переменилась почти вся прислуга от болезней и изнурения».
По Парижскому миру (1856 г.) Россия должна была отказаться от содержания на Черном море военного флота, и Севастопольский военно – морской госпиталь был сокращен да лазарета. В 1888 г. были учреждены новые штаты госпиталя, и началось строительство госпиталя павильонной системы на Павловском мыске. Это строительство было закончено в 1907 г.
Новый госпиталь был оборудован всеми современными для того периода отделениями, кабинетами и лабораториями. В 1890 г. при госпитале было организовано Общество морских врачей, и госпиталь стал научным центром для морских врачей Севастополя.
Во время первой мировой войны госпиталь был развернут на 1 200 коек.
В период Великой Отечественной войны, во время героической обороны Севастополя, госпиталь был эвакуирован на Кавказ. Для обслуживания раненых в осажденном Севастополе в 4 км от города, на «Максимовой даче», был создан филиал госпиталя. Силами личного состава на «Максимовой даче» в скалах было ,вырыто бомбоубежище и оборудованы подземная операционная и помещения для тяжело раненых. Здесь во время осады оказывалась помощь тысячам раненых героев, боровшихся за Севастополь. Когда линия фронта подошла к территории госпиталя, оказавшейся под ружейным и пулеметным обстрелом, госпиталь был переведен в район «Стрелецкой бухты» и расположился в подземных штольнях. В августе 1944 г. в освобожденный Севастополь вернулась часть госпиталя, находившаяся на Кавказе, и началось восстановление разрушенных отделений и кабинетов в зданиях на Павловском мыске.
В ходе Великой Отечественной войны, несмотря на трудные условия работы, госпиталь продолжал быть центром научного усовершенствования врачей Черноморского флота. В нем прошло подготовку и переподготовку по военно – полевой хирургии множество морских врачей, а также врачей, призванных из запаса. Научные конференции привлекали большое количество врачей. Деятельность госпиталя в Великую Отечественную войну получила высокую оценку: Указом Президиума Верховного Совета СССР госпиталь награжден орденом Красного Знамени. В настоящее время он именуется Главным военно – морским Краснознаменным госпиталем Черноморского Флота.