Основными структурными единицами молекулы являются сконденсированная центральная часть (ядро), боковые цепи и периферические функциональные группы: карбоксильные, фенолгидроксильные, метоксильные, карбонильные, хиноидные. Ядро состоит из сконденсированных ароматических и гетероциклических кольцевых соединений, однако боковые цепи преобладают над ядром. Содержание карбоксильных и фенолгидроксильных групп больше, чем у гуминовых кислот. Фульвокислоты представляют соединения типа оксикарбоновых кислот с меньшим относительным содержанием углерода и более выраженными кислотными свойствами. Согласно Д. С. Орлову (1974), структурная ячейка фульвокислот из дерново-подзолистой почвы – C270H318O206N16, из чернозѐма – C260H280O177N15. В составе фульвокислот содержание углерода колеблется от 35 до 50 %, азота – от 3 до 4,5 %. Фульвокислоты растворяются в воде, растворы имеют сильнокислую реакцию (pH = 2,6 – 2,8). Хорошая растворимость фульвокислот по сравнению с гуминовыми кислотами является причиной их более высоких концентраций и распространения в поверхностных водах. Содержание фульвокислот, как правило, превышает содержание гуминовых кислот в
10 раз и более. Растворяющая способность фульвокислот усиливается их склонностью к хелатированию. Комплексные соединения фульвокислот могут активно мигрировать в природных водах в таких физико- химических условиях, в которых свободные катионы металлов выпадают в осадок.