Превращения марганца в почве включают процессы его мобилизации из устойчивых природных соединений (минералов), образование и разрушение металлорганических комплексных соединений, биогенное окисление и аккумуляцию микроорганизмами, восстановление. Наиболее изученный микроорганизм, участвующий в окислении и аккумуляции марганца, – Metallogenium. В окислительных процессах, разрушении минералов и разложении органоминеральных комплексных соединений с марганцем участвуют почвенные грибы, гетеротрофные бактерии, простекобактерии рода Pedomicrobium. Восстановление окислов марганца осуществляют факультативно-анаэробные микроорганизмы, которые понижают окислительно-восстановительный потенциал среды. Специфических восстановителей марганца типа денитрификаторов нет. Бактерии, аналогичные железоокисляющим хемолитоавтотрофам, в природе не обнаружены.