Анализ ответной реакции организмов (биоиндикаторов) на техногенез, т.е. анализ морфологических, физиологических, продукционных и популяционно-динамических изменений. Выделяют следующие критерии выбора биоиндикаторов (по Степанову и др.): широкий ареал, эврибиотность и эвритопность, оседлость (отсутствие миграций), чувствительность к токсикантам, толерантность, лабильность, антисинантропность, высокая численность, отсутствие колебаний численности, малое число видов, легкость (надежность) определения, разработанность систематики, изученность морфологии и экологии, изученность закономерностей накопления токсикантов, изученность межвидовых различий в накоплении токсикантов в пределах родов и семейств, достаточная масса пробы (относительная крупность размеров вида), представительство от разных звеньев трофодинамических цепей, включая продуцентов, простота добычи и учета, ненанесение ущерба популяциям в результате периодического отбора. Считается, что таким критериям отвечают, например, следующие виды: 1) обыкновенная бурозубка (Sorex arancus); 2) европейский крот (Talpa europaea);
3) алтайский крот (Talpa altaica); 4) бурый медведь (Ursus arctos); 5) лось (Alces alces); 6) рыжая полевка (Clethrionomus glareolus); 7) красная полевка (Clethrionomus ritilus). В настоящее время представление о биоиндикаторах вышло за рамки понимания их только лишь как видов, способных концентрировать токсиканты. Индикаторами могут быть любые биологические объекты на всех уровнях организации (от субклеточного до экосистемного). В этом плане задачи биоиндикации во многом совпадают с задачами экотоксикологии.