П. С. Араратов родился в семье мелкого служащего Тифлисской таможни. Нужда заставила Араратова уже в 15 лет стать репетитором. В 17 лет он сблизился с железнодорожными рабочими. Один из них, по фамилии Арто, познакомил юношу с идеями социализма.
В 1903 году Араратов – студент физико-математического факультета Петербургского университета. Здесь он примкнул к студенческой социал-демократической организации, в которую входили Н. В. Крыленко, Ш. 3. Элиава, А. М. Эссен и другие. Впоследствии П. С. Араратов вспоминал, что Е. Д. Стасовой он «главным образом обязан тем, что стал марксистом. Долгие вечера мы просиживали за чтением литературы; под ее же руководством я занялся самообразованием и проштудировал всю марксистскую литературу». Позднее, будучи секретарем Петербургского комитета, Е. Д. Стасова привлекла П. С. Араратова и А. М. Эссена к распространению листовок на предприятиях столицы и ее окрестностей (Колпина, Обухова и других районов).
В годы первой русской революции П. С. Араратов состоял в боевой дружине по охране студенческих демонстраций, был назначен командиром десятка, принимал участие в баррикадных боях на Васильевском острове. Затем он работал в финансовой комиссии ПК РСДРП(б). Наряду с концертами, сборы с которых шли в фонд ПК, комиссия организовала художественное издательство «Петух».
П. С. Араратов участвовал почти во всех студенческих демонстрациях и забастовках, не раз его избивали казаки, дважды он был ранен шашкой.
В 1910 году, сдав экстерном экзамены, П. С. Араратов окончил университет и поступил работать конторщиком на Московско-Виндаво-Рыбинскую железную дорогу. Отслужив два года в армии, П. С. Араратов вернулся на прежнее место работы. Здесь в 1915–1916 годах П. С. Араратов и уцелевшие от полицейского разгрома большевики вели среди железнодорожников антивоенную пропаганду.
После Февральской революции, с появлением в Питере Е. Д. Стасовой, деятельность большевиков-железнодорожников оживилась. По инициативе П. С. Араратова в управлении дороги образовалась большевистская группа.
Летра Степановича избрали председателем профсоюзного комитета дороги. К моменту Октябрьского вооруженного восстания в Петрограде Московско-Виндаво-Рыбинская дорога оказалась в руках большевиков. П. С. Араратов стал комиссаром службы движения, а затем и председателем Военнореволюционного комитета дороги, который образовал на всех крупных узловых станциях ревкомы и красногвардейские отряды. Ни один контрреволюционный полк не был пропущен в Петроград. И это значительно облегчило победу вооруженного восстания.
После Октябрьской революции П. С. Араратов занимал крупные военно-политические и хозяйственные посты на железнодорожном транспорте; с 1934 года он работал в транспортном отделе Ленсовета, а позднее был директором учебного комбината КОГИЗа.