Анаксагор свои философские взгляды изложил в объёмистом трактате «О природе». Он считал, что множество малых материальных частиц, которые называл «семенами вещей» (гомеомерии), имеют различные формы, цвет и вкус и обуславливают единство и многообразие мира. Соединение семян означает рождение вида, а разъединение – их упадок и гибель.
Миром движет некий «нус» (ум, разум). Нус, по Анаксагору – это наилучшее и наичистейшее из всех вещей, активное начало развития и по-знания мира.
В отличие от Эмпедокла Анаксагор не считал, что одинаковое мы познаём одинаковым. Как раз наоборот: всё познаётся себе противоположным (холодное – тёплым, сладкое – горьким и т. д.). Считая основной ступенью чувственное познание, Анаксагор считал, что ощущения не дают истины, так как истина познаётся лишь разумом, а не чувствами.
Анаксагор значительное внимание уделял познанию природных явлений, которые связаны с Землёй, Солнцем и Луной. О многогранности интересов Анаксагора свидетельствует и то, что он был первым кто призвал к систематическому изучению произведений Гомера.