Фома признает отличие между философией и теологией, но видит его лишь в метода достижения результатов. Что касается предмета, то он различается у философии и теологии незначительно. Он признает, что некоторые из догматов теологии могут быть доказаны философией (бытие Бога, единство Бога, бессмертие человеческой души). Однако большинство догматов не подвластны философии способом познания. Фома провозглашает «гармонию» веры и знания, что фактически означает подчинение второго первому. Краеугольным камнем всей громадной философско-теологической системы Фомы Аквинского является новая, по сравнению с Августином, версия теории о гармонии веры и разума. Аквинский провозгласил, что вера не должна противоречить разуму, что некоторые принципиальные положения вероучения могут быть рационально обоснованы. Например, разум способен доказать догматы о существовании Бога, о сотворении мира, о бессмертии души и др. В конечном счете, разум и вера направлены к познанию одной и той же Истины — Бога, но делают они это разными путями. Разум опирается на науку и философию, вера — на теологию. Возможность гармонии разума и веры базируется на том факте, что Бог открывается человеку двумя путями: естественным — через сотворенный мир и сверхъестественным—через откровение. Наука и философия средствами разума, познавая сотворенный мир, приходят к мысли о существовании Бога и управлении Богом всеми процессами в этом мире. Теология на основании сверхъестественного откровения, содержащегося в Библии и решениях церкви, позволяет человеку принять наиболее важные истины вероучения.
Он отрицает идею о непосредственном характере познания бытия Божьего и предлагает свои пять доказательств бытия Бога.
1. В мире все движется и, следовательно, кто-то является причиной движения.
2. Все в мире имеет свою причину, а Бог – есть первопричина.
3. В мире есть случайность, а т.к. случайность есть необходимость, то в
мире должно существовать абсолютно необходимое существо.
4. В мире есть разные степени совершенства, значит, есть и абсолютное
совершенство.
5. Бог – последняя цель, гармонизирующая все целесооьразные процессы. Все объяснить может только Бог.