В основе принципа биологической диагностики почв лежит представление о том, что почва как среда обитания составляет единую систему с населяющими ее популяциями разных организмов. В зависимости от сочетания природных факторов, определяющих почвообразовательный процесс, разные почвы различаются по составу своей биоты, направленности биохимических превращений и содержанию тех химических компонентов, которые являются продуктами этих превращений или их агентами.

Биологическая диагностика почв это определение фактического и прогнозируемого состояния почвы по ее биологическим свойствам. C одной стороны, оно заключается в биоиндикации (биотестировании) свойственных почве признаков и тенденций в конкретном месте в конкретное время, то есть в распознавании современного состояния почвы по ее биологическим свойствам; с другой стороны, в прогнозировании динамично развивающихся в ней процессов и тенденций с определением как долевого, так и суммарного эффектов воздействия на почву факторов естественного и антропогенного происхождения.

Биоиндикация (биотестирование) более узкое понятие, чем биодиагностика, понятие, предполагающее разовое, точечное измерение (оценку) состояния среды с применением того или иного показателя.

Мониторинг почв, то есть наблюдение за состоянием почв во времени, разделяют на диагностическую и прогностическую составляющие. Мониторинг применяется при интегральной оценке состояния почв, экологическом нормировании, уточнении классификации почв, экологической экспертизе и ОВОС, экологическом контроле.

Диагностический мониторинг отвечает за опознание почв по состоянию их биоты в естественных природных условиях и характеризует их фактическое состояние в настоящий момент времени.

Прогностический мониторинг дает представление о перспективе развития намечающихся в почве процессов и выполняется преимущественно в рамках планируемого эксперимента.

Для целей биологической диагностики и мониторинга состояния почв и почвенных процессов возможно применение комплекса биологических показателей, основанных на исследовании почвенной микрофауны (почвенных простейших), альгофлоры, определении биохимической активности почв.