0рганы иммунитета делятся на центральные и периферийные. К разряду центральных относят два органа - тимус (вилочковую железу) и костный мозг. У птиц вторым центральным органом иммунитета является бурса (bursa) Фабрициуса. К периферическим органам иммунитета относятся: селезенка, лимфоузлы, миндалины и аденоиды, а также лимфоидная ткань, ассоциированная со слизистыми оболочками и кожей (ЛТАСК). Последняя включает пейеровы бляшки и М-клетки кишечника, клетки Лангерганса кожи.

Двум центральным органам иммунитета отвечают Τ- и В-системы иммунитета.