I. Определение N-концевой АК
1. Метод Сэнжера (ФДНБ — фтординитробензол — связывается с N-концевой АК с образованием соединения желтого цвета).
2. Метод Эдмана (используется ФИТЦ — фенилизотиоцианат, который также связывается с N-концевой АК с образованием соединения оранжевого цвета).
3. Взаимодействие N-концевой АК с дансилхлоридом с образованием флуоресцирующего соединения.
4. Ферментативный метод (использование аминопептидаз — это ферменты которые избирательно отщепляют N-концевые АК, например, аланиновая аминопептидаза).

II. Определение С-концевой АК
1. Метод Акабори (гидразин разрушает все пептидные связи и реагирует со всеми АК, кроме концевой; концевую АК определяют после обработки смеси ФДНБ).
2. Ферментативный метод (карбоксипептидазы А отщепляют ароматические С-конце- вые АК, карбоксипептидазы В — основные С-концевые АК).

III. Определение АК-последовательности
1. Используют прибор секвенатор, предложенный Эдманом.
2. Избирательный гидролиз.