Три этапа научной деятельности Карен Хорни настолько отличаются друг от друга, что разные люди воспринимают ее из-за этого совсем по-разному. В своих основных работах по женской психологии, написанных в 1920-х и начале 1930-х годов, Хорни пыталась видоизменить идеи Фрейда о зависти к пенису, женском мазохизме, женском развитии, оставаясь в рамках ортодоксальной теории. Эти статьи слишком опередили свое время и получили широкую популярность, лишь когда в 1967-м была переиздана ее «Женская психология», после чего Карен Хорни была единодушно признана «первой леди психоанализа».
Те, кого привлекает второй этап ее научной деятельности, отождествляют Хорни главным образом с неофрейдистской школой, представителями которой также были Эрик Фромм, Гарри Стек Салливан, Клара Томсон и Абрахам Кардинер. В «Невротической личности нашего времени» (1937) и «Новых путях психоанализа» Хорни порвала с Фрейдом и развила психоаналитическую парадигму, в соответствии с которой отнюдь не биология, а культура и нарушенные человеческие отношения рассматриваются в качестве самых важных причин невротического развития. «Невротическая личность нашего времени» сделала Хорни известной в интеллектуальных кругах. Эта работа привлекла повышенное внимание к роли культурных факторов в психических нарушениях и подстегнула изучение культуры с точки зрения психоанализа. Так как это была открытая критика Фрейда, «Новые пути психоанализа» принесли Хорни дурную славу среди ортодоксальных психоаналитиков, и она подверглась остракизму со стороны психоаналитической общественности. Хотя Хорни и отдала дань значимости вклада и гению Фрейда, но «Новые пути психоанализа» многое в его теории отвергли и сместили фокус психоанализа от переживаний детства к современной структуре личности. Это легло в основу терапии по принципу «здесь и сейчас», важность которой в наше время все более повышается.
В 1940-е годы Хорни завершила разработку своей зрелой теории. В книгах «Внутренние конфликты» (1945) и «Неврозы и человеческое развитие» (1950) Хорни утверждает, что человек борется с тревогой, вызванной ощущением опасности, сознанием, что его не любят и не ценят, отказываясь от своих истинных чувств и тщательно разрабатывая стратегии защиты. В «Неврозах и человеческом развитии» Хорни подчеркивает значение психологических защит, показывая, как идеализация самого себя порождает в человеке желание славы и то, что Хорни называет «системой гордости», которая складывается из невротической гордости, невротических требований, деспотизма и ненависти к самому себе. Огромные возможности и всеобъемлющий характер зрелой теории Хорни доказаны не только эффективным применения в клинической практике, но и возможностью ее использования в таких сферах деятельности, как литературная критика, составление биографий, изучение культуры и гендерных проблем.
Хорни считала, что ее терапия призвана помочь людям отказаться от защит, которые отдаляют их от истинных симпатий и антипатий, надежд, опасений и желаний — так чтобы человек смог достичь того, что Хорни назвала реальным «я». Поскольку Хорни придавала большое значение реализации «я» как цели жизни и источнику здоровья, ее считают одним из основателей гуманистической психологии.