Вторым ключевым фактором, который увеличивает вероятность того, что убеждение превратится в мысль-вирус, является замкнутость этого убеждения на себя, или наличие у него внутренней референции. Процесс, обладающий внутренней референцией, основан сам на себе или оперирует самим собой. Социальные и психологические системы, обладающие внутренней референцией (или самоорганизующиеся), конструируют собственную реальность за счет применения созданных внутри них принципов и правил. Пример восприятия на основе внутренней референции мы получим, если встанем между двумя зеркалами и увидим отражение одного зеркала в другом, что создает опыт «наблюдения за собой, наблюдающим за собой».

Процессы с внутренней референцией можно противопоставить процессам, имеющим внешнюю референцию. Процессы с внешней референцией функционируют согласно внешним для процесса или системы правилам и используют поступающую извне обратную связь. В здоровых системах обычно соблюдается баланс между внутренней и внешней референцией (и любой другой референцией). Когда в системе или процессе преобладает внутренняя референция, это порождает патологии и парадоксы. Так, люди с внутренней референцией кажутся слишком эгоцентричными или высокомерными. Биологическим примером системы (или части системы), в которой преобладает внутренняя референция, являются онкологические заболевания. По мере своего роста и распространения они разрушают окружающую систему.