В ряде случаев на формирование признаков могут влиять не только аллельные гены, но и неаллельные гены. Выделяют следующие типы взаимодействия неаллельных генов: комплементарность, эпистаз и полимерию.

Комплементарность – это такой тип взаимодействия неаллельных генов, при котором гены из разных аллельных пар дополняют действие
друг друга, приводя к формированию нового признака. Выделяют доминантную или рецессивную комплементарность (т.е. формирование новых
признаков связано с взаимодействием доминантных либо только рецессивных аллелей).
При доминантной комплементарности присутствие в генотипе доминантных аллелей обеих неаллельных генов обеспечивает развитие нового
признака, чего не наблюдается при отсутствии одного из них в доминантном состоянии. В этом случае при скрещивании двух дигетерозиготных
организмов, имеющих данный (новый) признак, лишь у определенной части потомства (9/16) будет формироваться такой признак, а у остальных(7/16) он не разовьется.

Эпистаз – такая форма взаимодействия неаллельных генов между собой, при которой гены одной аллельной пары подавляют действие генов
другой аллельной пары. Ген, подавляющий действие другого гена называется эпистатическим геном (супрессором), а подавляемый им ген носит
название гипостатического. Выделяют доминантный и рецессивный эпистаз.
Доминантный эпистаз – эпистатическое действие оказывает доминантный ген в гомо- или гетерозиготном состоянии (например, окраска
оперения у кур). Рецессивный эпистаз – эпистатическое действие оказывает рецессивный ген только в гомозиготном состоянии (например, окраска шерсти у домовой мыши). При доминантном эпистазе при скрещивании двух гомозиготных особей, отличающихся по двум парам неаллельных генов, расщепление по фенотипу среди гибридов второго поколения будет выражаться соотношением 12:3:1 или 13:3.
При рецессивном эпистазе это соотношение 9:3:4.

Полимерия – тип взаимодействия неаллельных генов между собой,при котором несколько неаллельных генов оказывают влияние на форми-
рование одного признака. Причем, действие полигенов чаще всего бывает суммирующим. Это означает, что контролируемый полигенами признак
будет усиливаться или ослабляться в зависимости от количества доминантных генов, присутствующих в генотипе. Признак не развивается лишь в том случае, когда все полимерные гены находятся в рецессивном состоянии. Одного доминантного гена уже достаточно, чтобы признак развился.
Обычно, чем больше доминантных полимерных генов содержит организм, тем сильнее выражен признак. Признаки, зависящие от полимерных генов,
относятся к количественным признакам. Чем большее число неаллельных генов влияет на количественный признак, тем более плавные переходы
этого признака от одного значения к другому. Полимерные гены обозначаются обычно одной и той же буквой, но с разными индексами. Например, генотип включающий три пары неаллельных полимерных генов можно обозначить как — А1а1А2а2А3а3. При полимерии при скрещивании двух гомозиготных особей, отличающихся по двум парам полимерных неаллельных генов, расщепление по генотипу среди гибридов второго поколения будут выражаться соотношением 15:1.