В связи с обоснованием нового предмета философии – экзистенциального существования человека, Кьеркегор выступил с критикой рационалистической философии, в первую очередь, философии Гегеля. Согласно Гегелю истина носит разумный, всеобщий и объективный характер; высшей формой ее постижения является наука, основанная на абстрактном мышлении. Кьеркегор настаивает на том, что философия принципиально отличается от науки, что она напрямую зависит от субъективной, личной жизни философа. Философия Кьеркегора как раз и явилась примером такой попытки осмысления сокровенных душевных переживаний самого философа. Главный вопрос человеческого существования – «быть или не быть?», пишет Кьеркегор, может иметь «только субъективное значение». «Страсть как раз и есть субъективность, а при объективном подходе ее вовсе нет». Так понятая субъективность и есть по Кьеркегору действительность, а не гегелевское «то, что разумно». Такую экзистенциальную истину нельзя знать, в ней можно только быть. Объективной истине субъект безразличен, в ней он исчезает. Немецкая классическая философия развивает учение о субъекте, но там речь идет о субъекте вообще, Кьеркегор же считает, что предметом философии должен стать единичный, неповторимый, уникальный, конкретный субъект, поэтому экзистенциальная истина и всеобщность несовместимы.
Научное мышление, пишет Кьеркегор, – «это мышление, при котором не существует мыслящего». «Абстрактное мышление помогает мне обрести бессмертие тем, что сражает меня как существующего в отдельности насмерть и тем самым дарует бессмертие». «Понимание существования также затруднено, как и понимание движения: я мыслю его и таким образом прекращаю его и, следовательно, уже не мыслю его. Можно, пожалуй, с полным правом сказать, что существует вещь, которая не дает себя мыслить, и это – существование». Способом познания истины в экзистенциальной философии признается не мысль, а переживание. «Исходной точкой для достижения абсолюта является не сомнение, а отчаяние».