Первый монастырь в Москве основан в конце XIII века святым благоверным князем Даниилом (1261–1303), родоначальником московских князей, младшим сыном святого благоверного князя Александра Невского.

Первоначально все постройки обители были деревянными. Архитектурный ансамбль монастыря, сохранившийся до нашего времени, сформировался в XVII–XIX веках. К началу XX столетия в обители было уже три храма с одиннадцатью престолами.

После 1930 года, когда монастырь был закрыт, все его церкви подверглись опустошению и перестройкам. В 1983 году монастырский комплекс был возвращён в лоно Русской православной церкви и началось его восстановление, завершившееся в 1988 году. Промыслом Божиим именно первый монастырь Москвы стал в столице первой обителью, возрождённой к духовной жизни.

В настоящее время, как и прежде, монастырские богослужения совершаются в трёх храмах.

Древнейший из них — храм Святых Отцов семи вселенских соборов. В результате реставрационно-восстановительных работ ему возвращён облик, сложившийся в XVII–XIX веках.

Храм Святых Отцов — сложное разновременное сооружение, включающее в себя несколько церквей. Церковь Покрова Пресвятой Богородицы расположена на первом этаже. Её северный придел освящён в честь святого пророка Даниила — небесного покровителя благоверного князя Даниила, который с именем этого святого был пострижен перед смертью в схиму.

Самые древние части Покровской церкви относятся к XVII веку. Иконостас храма написан в 1984 году. Группу художников-иконописцев возглавил насельник Псково-Печерского монастыря игумен (ныне архимандрит) Зинон. В своей работе мастера следовали традициям древнерусского искусства XV – начала XVI века.

На солее Покровской церкви в киоте помещена главная святыня храма — икона благоверного князя Даниила с частицей его честных мощей.

Церковь Святого Даниила Столпника находится в западной части храма Святых Отцов. Она сооружена в XVIII веке. Её престол — самый древний в монастыре. В честь преподобного Даниил а Столпника — небесного покровителя благоверного князя Даниила, получившего имя его при крещении, — была освящена в XIII веке первая деревянная церковь монастыря, давшая название всей обители.

Иконостас церкви создан по проекту священника отца Вячеслава Савиных в 1988 году. Он состоит из местного, деисусного и пророческого рядов. Большинство икон написаны отцом Вячеславом и художницей Натальей Шелягиной. Над Царскими вратами размещён ярус аналойных икон XVII–XIX веков.

Храм Святых Отцов семи вселенских соборов размещается на втором этаже. Первоначально собор во имя Святых Отцов находился к северу от существующего храма. Он был сооружён в 1555–1560-х годах и освящён митрополитом Московским Макарием в присутствии царя Ивана Грозного 18 мая 1561 года. В XVIII веке древний храм обветшал и был разобран. В связи с этим над Покровской церковью возвели второй этаж, куда был перенесён престол в честь Святых Отцов семи вселенских соборов.

Из сокровищ древнего храма сохранилась Владимирская икона Божией Матери с Акафистом. Она находится в местном ряду иконостаса, слева от Царских врат. Справа от Царских врат размещён храмовый образ Святых Отцов семи вселенских соборов, написанный в 1989 году. Из других икон местного ряда замечательны в историческом и художественном отношении образ святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских, с клеймами жития на раме XVII века и Казанская икона Божией Матери XVIII века с клеймами, иллюстрирующими «Сказание о явлении чудотворной иконы Пресвятой Богородицы в г. Казани». Верхние ряды иконостаса представляют собой единый ансамбль из 67 икон XVII века, поступивших из Троице-Сергиевой лавры и Московской духовной академии. К северу от иконостаса находится рака с частицей мощей благоверного князя Даниила.

В северной галерее храма расположен придел в честь святого князя Даниила. Память основателя обители празднуется в день его блаженной кончины, 4/17 марта, и в день обретения в 1652 году его мощей, 30 августа/12 сентября.

Церковь преподобного Симеона Столпника расположена над Святыми вратами, под колокольней. Она построена в 1730-х годах и сохранилась в своём первоначальном виде. Колокольня же над храмом была снесена в 1930-х годах, а её колокола, подбор которых был одним из лучших в Москве, вывезены в США и размещены на звоннице Гарвардского университета.

В 1984 году колокольня Свято-Данилова монастыря была восстановлена в прежних формах. Её высота — 45 метров. На колокольне 16 колоколов, привезённых в основном из Поволжья. Самый большой из них, отлитый в 1886 году в Ярославле, весит 221 пуд.

Церковь преподобного Симеона Столпника освящена после реставрационных работ 27 февраля 1988 года.

Её иконостас состоит из местного, праздничного и деисусного чинов. Он оформлен по проекту московского художника-иконописца С.Н. Добрынина, написавшего для него 12 икон, в том числе и храмовый образ святого Симеона Столпника. Основной комплекс икон для иконостаса надвратной церкви поступил в Данилову обитель как пожертвование из Псково-Печерского монастыря. Он составлен из стилистически близких икон XVII–XX веков. Тябла (поперечные брусья) и вертикальные колонки между иконами расписаны орнаментом по мотивам росписи иконостаса в церкви преподобного Иоанна Лествичника Кирилло-Белозерского монастыря.

Троицкий собор — самый большой и величественный храм Свято-Данилова монастыря. Он построен по проекту замечательного зодчего О.И. Бове в 1833–1838 годах. Храмозданная грамота на строительство собора была выдана монастырю митрополитом Московским Филаретом (Дроздовым). 13 сентября 1838 года митрополит Филарет торжественно освятил главный престол храма во имя Живоначальной Троицы. В том же году были освящены два престола в приделах: северном — во имя зачатия святой праведной Анны и южном — во имя преподобного Алексия, человека Божия.

Троицкий собор построен в стиле позднего классицизма. Его основной объём имеет с востока полукруглую апсиду, а с трёх остальных сторон — шестиколонные портики. Здание увенчано круглым барабаном с широкими окнами. Полусферический купол барабана завершает небольшая главка с крестом.

После 1930 года, когда на территории Данилова монастыря размещался детский приёмник, здание собора сильно пострадало от приспособления его к бытовым и производственным нуждам. В процессе реставрационных работ 1983–1986 годов были восстановлены портики на южном и северном фасадах храма и другие утраченные детали. Усилиями архитекторов, мастеров различных специальностей и братии монастыря собору возвращён его прежний облик.

От внутреннего убранства храма сохранились лишь фрагменты, но именно они вместе с обнаруженными в Центральном государственном архиве древних актов СССР проектными чертежами О.И. Бове позволили воссоздать интерьер собора в виде, близком к первоначальному.

Благодаря нерасчленённой поверхности стен и единообразию архитектурных деталей внешний облик собора производит строгое, цельное впечатление. Интерьер же поражает великолепием декоративного убранства, в котором гармонично сочетаются живопись, лепнина и золочёная резьба по дереву.

Иконы для иконостасов Троицкого собора написаны насельником Троице-Сергиевой лавры архимандритом Николаем (Самсоновым). На апсиде храма помещена мозаичная икона Пресвятой Троицы, повторяющая прославленный образ преподобного Андрея Рублёва.

Главная святыня Троицкого собора — хранящаяся в деревянном ковчеге частица мощей благоверного князя Даниила. По преданию, эта драгоценная святыня принадлежала настоятелю Данилова монастыря в 1917–1930 годах архиепископу Феодору (Поздеевскому). Духовные чада святителя бережно хранили частицы святых мощей преподобного князя. Впоследствии эти святыни попали в Америку. Данилову монастырю они были переданы в 1986 году предстоятелем автокефальной православной церкви в Америке блаженнейшим Феодосием, архиепископом Вашингтонским, митрополитом всей Америки и Канады.

Храмовая икона Пресвятой Троицы XVI века, помещённая в резном золочёном киоте на юго-восточном столпе, пожертвована в обитель из частного собрания незадолго до освящения собора после реставрационно-восстановительных работ 27 апреля 1986 года. В киоте на северо-восточном столпе находится образ Божией Матери «Троеручица» XVII века. Эта икона издревле почитается как чудотворная.

Монастырское предание свидетельствует и о чудесах, совершённых Господом через икону своего угодника, преподобного Иоанна Кассиана Римлянина.

Образ святого Иоанна, написанный в XVIII веке, пожертвован в обитель в 1806 году.

Иконы Божией Матери «Троеручица» преподобного Иоанна Кассиана Римлянина и Владимирская икона Божией Матери с акафистом из храма Святых Отцов семи вселенских соборов находились после 1930 года в церкви Сошествия Святого Духа на Даниловском кладбище в Москве, откуда по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Пимена возвращены в возрождённый Свято-Данилов монастырь.

Троицкий собор сооружён на высоком подклете, где были погребены благотворители обители, московские купцы Куманины и Шестовы, на чьи пожертвования построен храм. В 1930-х годах эти семейные усыпальницы, как и весь некрополь Данилова монастыря, подверглись варварскому разорению.

Ныне в подклете собора — церковь в честь рождества пророка, предтечи и крестителя Господня Иоанна, освящённая 23 мая 1988 года. Иконостас церкви выполнен в виде белокаменной алтарной преграды. В этом храме обычно совершается таинство исповеди, и прихожане с особым усердием обращаются с молитвами к святому Иоанну Предтече, посланному в мир проповедовать покаяние и приближение царства Христова.

В восточной части монастыря находился древний некрополь. Здесь, на братском кладбище, был в 1303 году погребён основатель обители князь-схимник Даниил. Впоследствии в стенах монастыря хоронили не только духовных лиц, но и мирян, среди которых были выдающиеся деятели науки, искусства, культуры: Н.В. Гоголь, А.С. Хомяков, Ю.Ф. Самарин, Н.М. Языков, С.М. Третьяков, Н.Г. Рубинштейн, В.Г. Перов и другие.

Монастырский некрополь в его изначальном виде не сохранился.