Дон Хуан Австрийский родился в Германии, в городе Регенсбурге. Он был побочным сыном императора Священной Римской империи Карла V и, следовательно, по отцу принадлежал к династии Габсбургов. В отношении его матери единого мнения нет. Большинство его биографов склоняются к тому, что матерью дона Хуана была дочь регенсбургского бюргермейстера Барбара Бломберг (Блуменберг). Она принадлежала к знатной фландрской фамилии и считалась одной из самых красивых женщин своего времени. Когда любовь Карла V к ней угасла, Барбара Бломберг получила от императора большое приданое и была выдана замуж за Рехема — человека богатого, имевшего обширные поместья в провинции, но постоянно проживающего в Антверпене.

По другим сведениям, матерью Хуана Австрийского была более знатная дама, имя которой осталось тайной, так как она была принцессой крови.

Но кто бы ни была его мать, отец вначале не признал Хуана своим ребенком, и первые годы жизни мальчику пришлось провести на ферме одного богатого крестьянина. Простое деревенское воспитание, частые лишения и трудности первых лет жизни не сделали его характер грубым и жестоким. Напротив, в дальнейшем везде, и на поле битвы, и в светских салонах, его поначалу отличали благородство и изящество манер.

К концу жизни Карл V решил признать Хуана и открыл мальчику тайну его рождения. Он призвал его ко дворцу, щедро наградив крестьянина за заботу о ребенке. Карл V не наделил побочного сына материальными благами, но на смертном одре просил своего сына и наследника Филиппа II, которому дон Хуану приходился братом, позаботиться о молодом человеке и помочь ему получить духовное образование.

Хуан стал воспитываться вместе с Александром Фарнезе и инфантом доном Карлосом в королевском дворце Мадрида. Среди своих сверстников он быстро завоевал авторитет своей ловкостью в играх и военных упражнениях. Никто лучше него не мог усмирять неукротимых лошадей.

По завещанию Карла V, определившего для сына духовную карьеру, дон Хуан три года обучался в университете в Алкале. Однако характер сильного и красивого юноши, склонного к опасным приключениям, не раз побуждал его убегать на военные суда, на которых он в 1564–1568 годах принимал участие в операциях испанского флота против турок и пиратов.

Занявший престол после смерти отца Филипп II относился к младшему брату с любовью и, вопреки воле родителя, решил дать брату возможность стать военным. Вскоре он назначил дона Хуана главнокомандующим в экспедиции против мавританских инсургентов Гренады, но при этом обязал его не предпринимать ничего без согласия военного совета, состоящего при главнокомандующем. Понимая, что в этом случае экспедиция может не достичь поставленной цели, дон Хуан все же настоял на разрешении действовать самостоятельно.

Имея в своем распоряжении армию (24 тысячи человек), к которой примкнули собравшиеся со всех концов Испании волонтеры, дон Хуан в январе 1570 года двинулся к старой крепости Галере. Гарнизон крепости, состоящий из 6 тысяч мавров, оказывал сопротивление до последнего, но 11 февраля 1570 года крепость пала; все ее защитники были изрублены, а сама Галера разрушена до основания.

Весной 1570 года в руки дона Хуана постепенно перешли Альбухара, Серон, Типола, Турчас и вся провинция Рио д'Альмансора. Мавры были изгнаны из Испании, а попавшие в плен были проданы в рабство.

В своей первой войне дон Хуан проявил не только личное мужество, но и военный талант. Однако быстрые успехи вскружили ему голову и развили в нем страшное самомнение, сделав его надменным и доведя его честолюбие до крайних пределов.

При дворе на дона Хуана смотрели как на будущего наследника престола в случае внезапной кончины болезненного дона Карлоса, с которым у него отношения не сложились еще в детстве. Словно подтверждая эти мысли, Филипп II устроил для дона Хуана двор и предоставил ему привилегии, обычно даваемые инфантам.

В 1571 году было совершено нападение турок на принадлежавший венецианцам остров Кипр. Чтобы преградить путь турецкой экспансии на Средиземном море, Филипп II, папа Пий V и Венецианская республика заключили между собой союз, направленный против общего врага; этот союз получил название Священная лига. Вскоре к союзу присоединились Мальта и целый ряд итальянских государств: Генуя, Неаполь, Сицилия, Савойя, Тоскана, Парма и др. Силы союзников насчитывали около 200 галер, 100 кораблей, 50 тысяч пехоты и 4,5 тысячи конницы. Дон Хуан получил звание главнокомандующего союзным флотом и приказ «вести крест против полумесяца». Сборным пунктом для кораблей союзников был назначен Отранто.

В начале октября корабли союзников вышли в море и у гавани Лепанто в заливе Патраикос встретились с силами турецкого флота под командованием Али-паши, у которого было 210 галер и 66 галиотов.

В начале сражения (6 октября) шесть венецианских галеасов, выдвинутых перед фронтом галер, артиллерийским огнем расстроили боевой порядок турецкого флота, который не имел даже артиллерии. Это вынудило турецкого главнокомандующего идти на абордаж первой линии союзных кораблей. Однако преимущество здесь также было на стороне союзников, встретивших турок, вооруженных лишь холодным оружием и луками, огнем из аркебузов.

К концу сражения турецкий флот потерпел полное поражение, потеряв 224 корабля, из которых 117 было захвачено союзниками. Потери войска дона Хуана не превышали 15 галер. Из неволи было спасено 12 тысяч христианских рабов, томившихся в турецкой неволе. Сражение у Лепанто стало «лебединой песней» галерного флота. Оно показало, что турецких моряков можно побеждать. Однако на сам ход войны победа при Лепанто не повлияла. Антагонизм, царивший между членами Священной лиги, помешал им довести разгром Турции до конца и позволил туркам построить новый флот и удержать остров Кипр.

Победители вернулись в Мессину, и скоро Филипп II охладел к борьбе на Востоке, занявшись другими делами. Он очень подозрительно смотрел на своего младшего брата, стремившегося к самостоятельному положению.

С испанской эскадрой дон Хуан осенью 1573 года высадился на африканский берег, взял Тунис и разрушил Бизерту. Он уже составил план создания здесь собственного государства и надеялся в этом на помощь папы, также желавшего преобразования Триполи в христианское государство, королем которого стал бы дон Хуан. Однако когда дон Хуан обратился к Филиппу II с просьбой признать его королем Туниса, то получил от своего брата не только отказ, но и приказ снести стены Туниса. Король не желал тратить свои силы и средства на защиту такого отдаленного города.

Впоследствии, когда дела отвлекли дона Хуана в Северную Италию, вице-короли Неаполя и Сицилии по приказу из Мадрида сдали туркам не только Тунис, но даже Гелетту, находившуюся в испанских владениях еще со времени походов Карла V.

По окончании войны Филипп II сделал брата генерал-губернатором Милана, а с 1576 года — королевским наместником в Нидерландах. Однако дон Хуан считал эти посты слишком мелкими для себя и мечтал о собственном государстве. Отношения его с Филиппом II резко ухудшились. В нем стало заметно проявление мелкого тщеславия, напоминая всем, что он сын императора. Ранее романтически настроенный, дон Хуан стал теперь бессердечно относиться к своим возлюбленным и к своему многочисленному потомству. Вместе с тем он продолжал лелеять романтические планы освободить находящуюся в заключении в Англии Марию Стюарт и жениться на ней. План этот поддерживал папа, и теперь дон Хуан рассчитывал на его помощь.

Эти мечты рассеялись, когда брат назначил его правителем Нидерландов. Вначале дон Хуан сумел завоевать расположение голландцев, помнивших его отца, к которому они всегда относились с большой симпатией, но затем ситуация осложнилась.

Незадолго до прибытия Хуана в Нидерланды в Генте 8 ноября 1576 года было заключено соглашение между католическими и двумя кальвинистскими провинциями (Голландией и Зеландией) о борьбе за изгнание испанских войск и уничтожение порядков, заведенных здесь герцогом Альбой и его преемниками. От дона Хуана требовалось одобрение этого соглашения и удаление из Нидерландов испанских войск. Лишь после этого он мог быть признан королевским наместником Нидерландов. Вильгельм Оранский вначале советовал арестовать дона Хуана, а затем оставил это намерение и теперь лишь вредил его авторитету.

В январе 1577 года дон Хуан заключил с Генеральными штатами так называемую Брюссельскую унию, преобразованную в феврале в «постоянный эдикт», по которому подтверждалось Гентское соглашение, восстанавливались права и вольности 17 провинций, утверждались права принца Оранского в качестве штатгальтера Голландии и Зеландии. Дон Хуан лишь требовал взамен господствующего положения для католической религии.

В мае 1577 года дон Хуан торжественно въехал в Брюссель, восторженно встреченный голландским населением. Однако скоро он стал тяготиться своим положением и мечтал поскорее уехать из Нидерландов «от этих величайших негодяев, которые скорее им управляют, чем он ими», как он писал в одном письме. Дон Хуан просил Филиппа II прислать ему замену, а Генеральным штатам объявил, что нужно подождать с отъездом испанских солдат. Эти солдаты были нужны ему для воплощения в жизнь его планов освобождения Марии Стюарт.

В своих планах он натолкнулся на препятствия как в лице Генеральных штатов, требовавших скорейшей эвакуации испанских солдат, так и в лице Филиппа II, который не желал, чтобы дон Хуан ради своих абсурдных замыслов уходил с занимаемого им поста. Его доверенный секретарь Эскобедо (тайный агент Филиппа II) вступил в тайные переговоры с любимцем короля Антонием Перецем и через него старался повлиять на короля. Однако Перец, сохраняя преданность своему монарху, выдавал все тайны дон Хуана и тем самым настроил его против брата.

Наконец Филипп II потерял терпение и приказал испанским войскам оставить Нидерланды. Это привело к крушению всех замыслов дона Хуана, который пытался до последнего удержать испанские войска в Нидерландах, вынашивая новые планы: захватить в союзе с Гизами короны Испании и Франции или, пользуясь болезнью своего брата, захватить в свои руки правление королевством. Он даже затеял переписку с английской королевой Елизаветой, мечтая с помощью брака с ней получить британскую корону.

Безрассудные действия брата возбуждали все большее недовольство Филиппа II, который предпочитал держать его в Нидерландах, окружив своими шпионами, доносившими о каждом его шаге.

И лишь в одном испанский король сумел найти общий язык с правителем Нидерландов — в стремлении избавиться от принца Вильгельма Оранского. Однако дон Хуан пока не находил подходящего исполнителя для своих замыслов.

Все шло к полному освобождению Нидерландов от испанского владычества. Генеральные штаты уже не обращали внимания на королевского наместника, Голландия и Зеландия отказывались признавать Нантский эдикт, а принц Вильгельм Оранский готовил войну против Испании.

В больших городах Нидерландов городская армия оскорбляла не только свиту правителя, но и его самого, дело доходило до открытых нападений на дона Хуана. Он снова послал в Мадрид Эскобедо и потребовал у своего брата возвращения в Нидерланды испанских войск и предоставления больших денежных средств, обещая навести в Нидерландах порядок.

В июле 1577 года немногочисленная, но хорошо организованная армия (22 тысячи человек) выступила из Люксембурга под командованием дона Хуана и 24 июля овладела Намюром и Шарльмоном. Создался плацдарм, удобный для дальнейшего наступления на Нидерланды. Однако это имело совершенно противоположные последствия: католическое дворянство Нидерландов, ранее поддерживавшее дона Хуана, теперь перешло на сторону Генеральных штатов и потребовало его отзыва из Нидерландов.

Король назначил вместо дона Хуана Маргариту Пармскую, но Генеральные штаты уже сами призвали в генерал-губернаторы эрцгерцога Матвея и заключили союз с королевой Елизаветой Английской.

В январе 1578 года дон Хуан собственной властью ввел в Нидерланды испанские войска и 31 января с помощью Александра Фарнезе наголову разбил нидерландские войска при Исембле, потеряв лишь 10 человек. Свою победу он завершил покорением Фландрии, Брабанта и Беннегад и рассчитывал скоро овладеть столицей Нидерландов. Однако сил для этого у него было недостаточно, а для занятия Брюсселя нужно было разрешение Филиппа II. Силы для покорения главных политических центров революции у дона Хуана также не хватало.

В ожидании денег и дополнительных войск он бездействовал в лагере Бухе (близ Намюра), в то время как Вильгельм Оранский энергично готовился к войне. Нидерландская армия под командованием Боссо (20 тысяч пехоты и 10 тысяч конницы) уже сосредотачивалась у Лиера, сюда же прибывали наемники из Германии.

В целях воспрепятствовать соединению Боссо с наемниками дон Хуан в конце июля 1578 года перешел реку Демер и двинулся к Лиеру, стремясь атаковать Боссо до прихода немцев. Несмотря на то что Александр Пармский и другие военачальники указывали ему на неприступность позиции у Рименана, он все же 1 октября 1578 года атаковал их, но был отбит и отступил.

Дон Хуан снова стал требовать у Филиппа II денег, а также чтобы он прислал к нему Эскобедо. Но король не только не присылал ему денег, но и тайно приказал убить в Мадриде Эскобедо по обвинению в государственной измене, о чем дон Хуан так и не узнал.

На помощь кальвинистам Елизавета Английская и пфальцграф Казимир прислали 50-тысячное войско. Французы также двигались на помощь своим землякам в Нидерландах. Боссо уже перешел Маас и теперь приближался к Шиме. Дон Хуан имел в своем распоряжении лишь 17-тысячное войско. В его армии стала свирепствовать чума, уносившая сотни жизней.

Все чаще дон Хуан сознавал крушение своих планов и неудачу всей своей жизни. Он заболел и 1 октября 1578 года на 32-м году жизни скончался в своем военном лагере.