В природе малахит рождается там, где медные руды соседствуют с карбонат­ными породами: известняками, доломи­тами и др. Под действием подземных вод, в которых растворены кислород и углекислый газ, мель из руды переходит в раствор. Медленно просачиваясь че­рез пористый известняк, этот раствор взаимодействует с ним, образуя основ­ной карбонат меди — малахит. Обыч­но естественное формирование мине­ралов — процесс крайне медленный. Но иногда кристаллы минералов растут чуть ли не так же интенсивно, как и растения. Лабораторные исследования по­казали, что малахит может расти со ско­ростью до 10 мкм в сутки. Это значит, что в благоприятных условиях слой са­моцвета толщиной 10 см может образо­ваться менее чем за 30 лет. Самую боль­шую глыбу малахита (массой 250 т) нашли на Урале в 1835 г.

Для получения искусственного ма­лахита необходимо использовать гидро­термальный синтез (от греч. «гидор» — «вода» и «термос» — «горячий»). Этот процесс моделирует образование мине­ралов в земных недрах. Он основан на способности воды растворять при высо­кой температуре (до 500 °С) и очень высоком давлении (до 3000 атм) вещества, которые в обычных условиях прак­тически нерастворимы, например, основной карбонат меди.