Затерянные города в Амазонии очень долгое время являлись клише, свойственным беллетристике низкого пошиба; серьезные учёные рассматривали сельву как среду, в которой могут существовать только примитивные человеческие культуры. Антропологические исследования до сих пор подтверждали эту точку зрения: Амазония — место, где живут индейские племена, находящиеся на уровне каменного века.

Впрочем, антропологическим данным противоречат археологические: учёный из Флоридского университета (США) Аугусто Ойюэла-Кайседо проводит раскопки на северо-востоке Перу, в джунглях около города Икитос. Его находки подтверждают распространившуюся в научных кругах в последнее время теорию о том, что перед прибытием европейцев в Амазонии существовала развитая культура с населением до 20 млн человек (гораздо больше количества нынешних жителей Амазонии).
Находки в индейских курганах — керамика и земля, главным образом так называемая terra preta («чёрная земля»), представляющая собой смесь местной почвы с продуктами человеческой жизнедеятельности, древесным углем и золой. Следы исчезнувшей культуры обнаруживаются повсеместно в Амазонии: слои terra preta бразильский археолог Эдуардо Невеш из Университета Сан-Паулу и его американские коллеги находят около Манауса. Индейцы повышали урожайность джунглей не только с помощью удобрения почвы: здесь повсеместно присутствуют участки джунглей с аномальным количеством деревьев, приносящих съедобные плоды. Как считают сторонники существования в бассейне Амазонки развитых цивилизаций в доколумбову эпоху, это остатки фруктовых садов. Находки археологов в Боливии и Бразилии (около реки Шингу) свидетельствуют: уже в конце I тысячелетия нашей эры жители Амазонии были способны перемещать тонны грунта, строить каналы и дамбы, изменявшие русла рек.

Изменение взглядов учёных на древние культуры бассейна Амазонки началось с исследований Анны Рузвельт из Университета Иллинойса в Чикаго в 1980-х: на самом большом в мире пресноводном острове Маражо в устье Амазонки были обнаружены фундаменты домов, качественная керамика и следы ведения развитого сельского хозяйства.

Учёные, отрицающие существование в прошлом развитых культур в Амазонии (к примеру, Бетти Меггерс из Смитсоновского института) считают сторонников теории оппортунистами, стремящимися стать известными за счёт противостояния классическим взглядам. Они утверждают: если в бассейне Амазонки и существовали более продвинутые, чем сейчас, автохтонные культуры, то слишком сильно от нынешних они не отличались — ни по уровню развития, ни по количеству населения.

В ответ адепты развитой Амазонии цитируют испанского доминиканского монаха и хроникёра Гаспара де Карбахала, который в 1541 году, проплыв по реке Напо, написал о «сверкающих белых городах», «очень плодородной земле», «прекрасных дорогах» и каноэ, способных перевозить десятки воинов. Учёные утверждают, что развитая цивилизация погибла из-за занесённых европейцами болезней, а построенные из дерева города и сравнительно компактные поля были очень быстро и почти бесследно поглощены джунглями. (Здесь следует вспомнить, что у разных культур есть разная способность оставлять следы для археологов — в зависимости от использовавшихся материалов. Если бы не несколько чудом сохранившихся записок на легко истлевающей бересте, большинство древних новгородцев так и считались бы неграмотными.)

И ещё одно обвинение в адрес тех, кто считает Амазонию родиной высокоразвитых культур: своими утверждениями о способности региона кормить миллионы человек без вреда для экологии они содействуют корпорациям, лоббирующим активное освоение региона. Эдуардо Невеш отвечает на это так: «Мы очеловечиваем историю Амазонии».