Учение о происхождении, сущности и роли религии в общественной жизни Спиноза изложил в «Богословско-политическом трактате». Хотя во всей его философии господствует идея Бога, теологи обвиняли Спинозу в атеизме, поскольку Бог Спинозы не личностный Бог с волей и разумом, творящий мир по свободному выбору как нечто отличное от себя. Он выступает не действующей извне причиной, а «имманентной», и неотделим от вещей, исходящих от него.
Спиноза показал, что философия и религия принципиально различны. Если философия оперирует на уровне второго и особенно третьего рода познания истины (рассудок и разум), то религия действует исключительно в пределах первого рода (воображение, представление).
Целью философии является истина, а религия добивается только подчинения и повиновения. Философия опирается на доводы разума, а религия использует для послушания страх и суеверие. Спиноза является основоположником научной критики Библии.