Однако в случае многих заболеваний имеется и более утонченное антибактериальное оружие: это иммунитет. И ранее уже было известно, что выздоровление после некоторых болезней служит человеку защитой против других болезней — несмотря на то что в организме не видны никакие особенные изменения. Логическое объяснение этому может быть одно: организм сам вырабатывает некоторые молекулы (антитела), которые можно использовать для уничтожения болезнетворных микроорганизмов либо их нейтрализации. Это объясняет эффект вакцинации, когда организм вырабатывает антитела против коровьей оспы и использует их в борьбе против оспы человеческой.
Теперь эта победа могла быть утверждена не только через атаку против болезни, но против микроорганизмов, которые вызывали заболевания. Пастер доказал наличие иммунитета на примере вакцинации скота против сибирской язвы — смертельной болезни, уносившей ежегодно большое поголовье. Пастер выявил возбудителя сибирской язвы. Он достаточно долго нагревал штамм этой бактерии, чтобы убить ее способность заражать. Такие неопасные, уже «мертвые» вакцины просто самим фактом присутствия в организме побудят его вырабатывать антитела, которые могут быть использованы против активных и смертельно опасных бактерий.
В 1881 г. Пастер провел драматический эксперимент. Он инокулировал части поголовья овец «мертвую», неактивную сыворотку язвы, другую же часть поголовья оставил непривитой. Все овцы, которым была сделана вакцинация, выжили, невакцинированные — заболели и погибли.
Такие же результаты были получены Пастером относительно куриной холеры и страшного заболевания бешенства — болезни «бешеных собак».
Теория Пастера и его эксперименты вызвали интенсивный интерес к бактериологии. Немецкий ботаник Фердинанд Юлиус Кон (1828—1898) в юности интересовался микроскопированием растительных клеток. Он, в частности, показал, что протоплазмы растительной и животной клеток идентичны. В 1860-х годах он обратился к бактериям и в 1872 г. опубликовал трехтомные наблюдения над микроорганизмами, которые пытался классифицировать на роды и виды. По этой причине Кона можно считать основоположником науки бактериологии.
Самое важное открытие пришлось на долю немецкого врача Роберта Коха (1843—1910). В 1876 г. Кох выделил бактерию, вызывающую сибирскую язву, и сумел ее культивировать (как и Пастер во Франции). Кох обратил на свои работы внимание Кона, и тот щедро спонсировал его работы.
Кох выращивал бактерию на твердом геле наподобие желатина (для которого позднее стали использовать агар-агар — вещество, выделяемое из водорослей). Это дало эффект: в жидкости бактерии разных видов интенсивно смешиваются, поэтому затруднительно определить, какой именно вид дает заболевание.
Если распределить (размазать) культуру бактерий по твердой поверхности, изолированная культура будет многократно делиться, производя многочисленные новые клетки, которые уже образуют четкие колонии. Хотя культура может быть смесью многих видов бактерий, одна колония будет образовывать чистый штамм. Если именно эта разновидность бактерий в эксперименте даст заболевание, то уже не останется сомнений, что именно она ответственна за него.
Первоначально Кох поместил гель на гладкое стекло, однако его помощник Юлиус Ричард Петри (1852 — 1921) предложил плоскую, круглую в сечении чашку со стеклянной крышкой. С тех пор в бактериологии пользуются этими чашками Петри.
Работая с чистыми штаммами, Кох вывел ряд правил для выявления микроорганизмов, вызывающих конкретное заболевание. Он с помощниками выявил множество возбудителей, и наивысшей точкой в профессиональной деятельности Коха было выделение в 1882 г. возбудителя туберкулеза.