В составе микрофлоры почвы принято выделять физиологические группы микроорганизмов, которые участвуют в различных процессах и на разных этапах постепенного разложения органических веществ: 1) бактерии-аммонификаторы; 2) нитрифицирующие бактерии; 3) азотфиксирующие бактерии; 4) бактерии, расщепляющие клетчатку, вызывающие различные виды брожений; 5) бактерии, участвующие в круговороте серы, железа, фосфора и других элементов: серобактерии, железобактерии и т. д., разнообразные виды которых осуществляют окисление и восстановление этих соединений. Микробиота ответственна за множество различных процессов в почве – от мобилизации до аккумуляции химических элементов. Устойчивость почв обусловлена главным образом способностью микроорганизмов осуществлять трансформацию и геохимическую миграцию подавляющего большинства химических элементов (не менее 65 элементов подвергаются микробному воздействию). Хотя микроорганизмы чувствительны как к дефициту, так и к избытку тяжѐлых металлов, они могут адаптироваться к высоким их концентрациям в окружающей среде. Доминирование микроорганизмов при различных концентрациях тяжѐлых металлов позволяет разделить диапазон толерантности микробного сообщества на несколько участков – адаптивных зон: 1) зона гомеостаза, в которой изменяется интенсивность микробиологических процессов (возрастание суммарной биомассы);
2) зона стресса, в которой происходят существенные изменения сообщества; 3) зона резистентности – резко сокращается состав сообщества, а доминантами становятся резистентные виды микроорганизмов (явление концентрации доминирования); 4) зона репрессии – прекращается развитие микроорганизмов на поверхности почвы (Левин, Гузев и др., 1989). Величина зоны определяется как диапазон концентраций химических веществ, в пределах которых сохраняются выделенные выше уровни толерантности.