После Февральской революции,
вернувшись в Петроград из сибирской ссылки, Евгений Трифонов связал свою судьбу с большевистской организацией Путиловского завода. Он был начальником заводской рабочей милиции, в начале апреля его избрали членом Нарвско-Петергофского райкома партии. В своих воспоминаниях Евгений Андреевич писал: «В мае 1917 года в Петергофском райкоме большевиков, явочным порядком (еще задолго до партийных решений и директив по этому вопросу), трое невзрачных парней поставили столик в прихожей, прибили над ним табличку – «Здесь запись в Рабочую гвардию», и уселись за столик с карандашами в руках. И когда мы записывали в Красную гвардию первых редких охотников, господа Керенские и Рябушинские тогда еще не подозревали, вероятно, что спустя немного дней красногвардейские колонны будут штурмовать Зимний дворец».
Евгений Андреевич был одним из организаторов путиловской заводской и районной Красной гвардии, входил в «инициативную пятерку», был членом комендатуры Красной гвардии Нарвско-Петергофского района. В дни Великого Октября Е. А. Трифонов – член Центральной комендатуры Красной гвардии Петрограда.
После победы революции до середины декабря 1917 года Е. А. Трифонов руководил в Главном штабе Красной гвардии Петрограда отделом формирования и обучения. В конце декабря он организовал сводный отряд петроградских красногвардейцев и во главе его ушел на Юг, на борьбу с Калединым. Е. А. Трифонов командовал частями на Царицынском фронте, был комиссаром в штабе «Южной завесы», начальником 9-й кавалерийской дивизии, военным комиссаром Донской области. Затем он работал в Дальневосточной республике, воевал с басмачами в Туркестане. За боевые заслуги в годы гражданской войны Е. А. Трифонов был награжден орденом Красного Знамени.