С особой силой его сатирический бич разил церковнослужителей и схоластов. Он считал, что обрядно-догматическая сторона католицизма заглушила в религии главное – ее нравственный смысл, присущий раннему христианству. По мнению философа, истинное христианство не противостоит античной культуре, а является ее продолжением. Борясь с невежеством церковников, он всячески подчеркивал эту связь. Например, в диалоге «Эпикуреец» («Разговоры запросто») один из персонажей называет истинным эпикурейцем самого Христа. Программа, так называемой, «философии Христа» была сформулирована еще молодым писателем в «Оружии христианского воина», где Священное писание трактуется, в первую очередь, как нравственное учение.
Критика Эразмом католицизма оказалась плодотворной почвой для развития идей Реформации, недаром, говорили, что Лютер высидел яйцо, которое снес Эразм. Но через некоторое время обнаружилось принципиальное противоречие между мировоззрением Лютера и Эразма, протестантизмом и гуманизмом. Эразма насторожила, а затем оттолкнула фанатичность, жесткая догматичность Лютера и бесчеловечность учения о несвободе воли.
Обе стороны – католики и протестанты – ждали выступления знаменитого писателя в свою защиту. Он же уклонялся от однозначного ответа. Тогда и те, и другие обвинили его в измене и трусости. Однако уклончивость Эразма была принципиальным выражением его философской позиции. Ограниченность обеих религиозных программ не вмещала гуманистического содержания его мировоззрения.