In
1) времена года (in winter, in summer, in spring, in autumn);
2) длительные промежутки времени (in 1989);
3) утром, днем, вечером (in the morning, in the afternoon – днем, во вторую половину дня, in the evening);
4) с месяцами (in May – в мае, in January – в январе)

At
1) время (at 5 o’clock – в 5 часов)
2) в полночь – at midnight / в полдень – at noon
3) c праздниками (at Christmas – в Рождество)

On
1) дни недели (on Monday – в понедельник)
В понедельник утром – On Monday morning
В пятницу вечером - On Friday evening
2) конкретный день, в который что-то случилось
16 мая – On the 16th of May